El 27 de septiembre de 2006 el CCyTEM sustituye formalmente a la MODECyT en sus funciones dentro de la estructura de Gobierno bajo la figura de un organismo público descentralizado de la administración pública del Estado con personalidad jurídica, patrimonio propio y autonomía técnica, de gestión y presupuestaria sectorizado a la Secretaría de Desarrollo Económico tal como aparece publicado el 24 de enero del 2007 en el Periódico Oficial. Su conformación original consistía en las Direcciones de Administración y Finanzas, de Divulgación y Vinculación, de Sistemas de Información, de Programas y Proyectos, del Museo de Ciencias de Morelos y del Centro Morelense de Innovación y Transferencia Tecnológica CemiTT.

Las primeras oficinas del CCyTEM se encontraban ubicadas en el tercer piso del edificio de la Beneficencia Española en el centro de Cuernavaca. En octubre de 2008, el CCyTEM se muda a la colonia Vista Hermosa y en 2009 se traslada a la colonia Jacarandas para posteriormente instalarse en el interior del parque San Miguel Acapantzingo.

Bajo la dirección de su primer titular, el Dr. Manuel Martínez Fernández, investigador del Centro de Investigación en Energía de la UNAM, este organismo se constituyó como órgano rector del Poder Ejecutivo con la capacidad y autonomía necesaria y suficiente para promover la colaboración interinstitucional e intersectorial en los tres niveles de gobierno para coordinar y descentralizar las actividades científico-tecnológicas en toda la entidad. Entre los problemas sociales que se atendieron en esta administración se encuentran la necesidad de mejorar la apreciación social de la ciencia y la tecnología en la sociedad, la necesidad de fomentar la calidad en las actividades científicas en los centros e institutos de investigación mediante la emisión de reconocimientos y estímulos, la necesidad de promover el desarrollo tecnológico y la innovación mediante la incubación de empresas de base tecnológica, la necesidad de invertir en proyectos científicos, tecnológicos y de innovación que resolvieran problemas estratégicos del Estado.

El CCyTEM tuvo en sus facultades la elaboración del primer Programa Especial de Ciencia y Tecnología tomando en cuenta las propuestas de la comunidad científica, de las instituciones de educación superior públicas y privadas así como de la ciudadanía.

Como se señaló arriba, la Ley de Innovación, Ciencia y Tecnología determinó la creación de dos importantes programas, el Sistema Estatal de Investigadores y el Reconocimiento al Mérito Estatal de Investigación como la expresión de una política pública dirigida a elevar la calidad en la investigación científica y tecnológica en nuestro Estado. La primera entrega del Reconocimiento para el Mérito Estatal de Investigación se realiza en 2008 y hasta 2012 hace entrega de 18 reconocimientos a igual número de investigadores.
El Sistema Estatal de Investigadores inicia en 2009 distinguiendo la labor de investigación y desarrollo tecnológico realizado por la comunidad científica morelense con cuatro áreas del conocimiento: Ingeniería, Físico-matemáticas y Ciencias de la Tierra; Biología, Química, Biotecnología y Ciencias Agropecuarias; Medicina, Ciencias de la Salud y Ciencias de la Conducta; y Ciencias Sociales y Humanidades. En su primer año el SEI operó sin presupuesto con un registro de 174 investigadores y entre 2010 y 2011 distribuyó 4 millones de pesos entre 294 investigadores.

DESARROLLANDO TECNOLOGÍAS DE LA INFORMACIÓN Y COMUNICACIÓN

El sector de las Tecnologías de Información y Comunicación TIC fue identificado como un área estratégica de desarrollo desde el 2002 cuando nace el capítulo Morelos de la Asociación Internacional de Software AISAC conformada inicialmente por 36 empresas, representación que se redujo a 25 empresas e instituciones de investigación en 2008 obteniendo una evaluación de competitividad media baja por la Cámara Nacional de la Industria Electrónica y de Tecnologías de la Información CANIETI. Para 2013 Morelos ya no contaba con empresas integrantes de AISAC, esto a pesar de la asignación de al menos 100 millones de pesos de recursos estatales y federales (ProSoft). Esta situación de debilidad del sector empresarial contrastaba con la fortaleza estatal en formación de recursos humanos especializados consistente en más de 5 mil jóvenes cursando estudios en 11 licenciaturas o ingenierías y 4 posgrados en el área.

Con la finalidad de fortalecer el ecosistema de innovación y con la certidumbre que apoyar el desarrollo de las TIC permea a otros sectores económicos es que el Gobierno del Estado se acerca al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología CONACyT en 2013 cuando desarrollaban el piloto de un programa llamado IncubaTIC nacido de la colaboración del Consejo de Ciencia y Tecnología de Yucatán con la CANIETI.

Este programa tiene como objetivo asociar a jóvenes tecnólogos con vocación de emprendedores con empresarios exitosos para la creación de empresas de Base Tecnológica. Se esperaba que la asociación acelerara el proceso de maduración de las empresas recortando el tiempo necesario para llegar al mercado.

En Morelos el programa se llevó a cabo en 2014 dejando como resultado la creación de 5 empresas. Al terminarse el piloto y ante la imposibilidad de CONACyT para seguirlo apoyando se gestionaron recursos estatales del Fideicomiso para la Competitividad FIDECOMP de donde se obtuvo 1 millón 430 mil pesos que se canalizaron para apoyar a 25 emprendedores en la creación de 12 empresas usando el mismo modelo de asociación de IncubaTIC con mejoras provenientes de la experiencia previa con un costo promedio de 119 mil pesos por empresa creada.

A través de InnovaTIC se continuó con el apoyo para incubación con asesorías continuas por parte de empresarios exitosos en TIC, estableciendo una sociedad entre ambos para el desarrollo de la empresa incubada. Durante el sexenio 2012-2018 mediante este programa se beneficiaron a 37 jóvenes morelenses lo que se tradujo en la creación de 17 nuevas empresas de base tecnológica con una inversión superior a las 2 millones de pesos.

Actualmente Morelos es uno de los pocos Estados de la República donde existe un modelo funcional de incubación de empresas del sector TIC como demuestra que la mayoría de nuestros egresados se encuentran activos siendo los casos de éxito Four Bits Game Studio y Cube, Diseño e Ingeniería.