Con una estructura consistente en dos subsecretarías, una de Innovación y Desarrollo Tecnológico y otra de Investigación Científica, la SICyT se convierte en cabeza de sector para el CCyTEM. Mediante una reingeniería, la Secretaría atrae atribuciones antes ostentadas por la Secretaría de Desarrollo Económico para crear la Dirección General de Innovación Industrial, de la Secretaría de Administración para crear la Dirección General de Sistemas para el Gobierno Digital, del CCyTEM para crear la Dirección General de Investigación y la Dirección General de Fomento al Desarrollo Tecnológico. En el CCyTEM permanecen dos áreas muy relevantes, el Centro Morelense de Innovación y Transferencia Tecnológica CemiTT y el nuevo Centro Morelense de Comunicación de la Ciencia CeMoCC a cuya responsabilidad se adscriben el Museo de Ciencias y el Tráiler de la Ciencia. Al frente de la SICyT y por acuerdo con la Academia de Ciencias de Morelos ACMor, el gobernador Graco Ramírez nombra a la Dra. Brenda Valderrama Blanco, investigadora titular del Instituto de Biotecnología de la UNAM-Morelos.

De manera coordinada con la administración del presidente Enrique Peña Nieto, se incorpora Morelos a la estrategia de especialización inteligente propuesta por el CONACyT para la identificación de sectores económicos donde nuestro Estado pueda desarrollar liderazgo basado en el conocimiento para los próximos diez años. Este trabajo de identificación se desarrolló entre 2014 y 2015 con el acompañamiento de la Fundación México-Estados Unidos para la Ciencia FUMEC dando como resultado la primera Agenda de Innovación del Estado de Morelos la cual alineó los esfuerzos de inversión tanto de la SICyT como del CONACyT en Morelos.

Con la expansión de sus atribuciones, la SICyT comienza a operar como eje de la cuádruple hélice para la innovación mediante el desarrollo armonioso y concertado de los sectores social, académico, empresarial y gubernamental de los tres niveles. Por la elevación de rango, el Programa Especial se transforma en el Programa Sectorial de Innovación, Ciencia y Tecnología 2013-2018.

En el Programa Sectorial de Innovación, Ciencia y Tecnología, en alineación al Plan Estatal de Desarrollo 2013-2018, se establecen como objetivos

1. Consolidar la investigación científica, social, humanística y su potencial aplicación para alcanzar una sociedad sustentable.
2. Fortalecer la competitividad de las empresas de la entidad mediante la aplicación de la ciencia, el desarrollo tecnológico y la innovación.
3. Fomentar la cultura científico-tecnológica y de innovación en la población, a fin de que esta desarrolle sus capacidades y cuente con mayores herramientas que incrementen su competitividad.
4. Facilitar el uso de herramientas tecnológicas para promover el trabajo en red, coordinado e informado de la administración pública para una mejor toma de decisiones.

Para cumplir con estas metas se implementó una estrategia en seis segmentos:

1. Formación de científicos y tecnólogos.
2. Generación de oportunidades laborales para personal especializado en alta tecnología.
3. Promoción de la investigación científica y del desarrollo tecnológico.
4. Inversión pública en proyectos auxiliares de la investigación científica y la innovación.
5. Divulgación de la ciencia, tecnología e innovación.
6. Desarrollo de herramientas informáticas para la administración pública.